Пункт 6 статьи 100 Налогового кодекса РФ закрепляет право налогоплательщика в течение тридцати дней представить в налоговый орган письменные возражения на акт налоговой проверки, как в целом, так и по его отдельным положениям, в случае если он не согласен с фактами, отраженными налоговиками в акте налоговой проверке. К своим письменным возражениям налогоплательщик может прикладывать заверенные копии документов, подтверждающих обоснованность его возражений. Десятидневный срок, что установлен пунктом 1 статьи 101 Налогового кодекса РФ для вынесения решения по результатам проведенной проверки, исчисляется после истечения одного месяца, установленного пунктом 6 статьи 100 Налогового кодекса РФ.
В случае, если налогоплательщик не подал письменные возражения на акт налоговой проверки, он не лишается права дачи пояснений при рассмотрении материалов налоговой проверки (см. п. 4 ст. 101 Налогового кодекса РФ). При этом данное правило применимо к оформлению не только выездной налоговой проверки, но и камеральной. Если же налогоплательщик в установленный законом срок не представил свои возражения на акт налоговой проверки, но принимал личное участие в рассмотрении материалов проверки, добиться отмены итогового решения налогового органа он сможет, только доказав, что у него не было возможности надлежащим образом подготовиться к рассмотрению материалов проверки и соответственно привести аргументированные объяснения.