Право налоговых органов на проведение налоговых проверок закреплено в пункте 2 статьи 31 Налогового Кодекса РФ. Статья 82 Налогового кодекса РФ содержит определение термина «налоговая проверка», а также права и обязанности налоговых органов по осуществлению налогового контроля. Права и обязанности налоговых органов и порядок проведения выездных налоговых проверок закреплены в статьях 89 и 89.1 Налогового кодекса РФ, а также регулируются Регламентом ФНС России по планированию и подготовке выездных налоговых проверок, утвержденным Приказом ФНС России от 05.10.2009г. № ММ-8-2/41дсп@, Регламентом проведения выездных налоговых проверок, утвержденным Приказом ФНС России от 05.09.2008г. № ММ-4-2/34дсп@. Налоговым кодексом РФ регламентируется и сроки проведения налоговых проверок. В соответствии с пунктом 6 статьи 89 Налогового кодекса РФ ФНС России установила основания и порядок продления срока проведения налоговой проверки до четырех месяцев, а также перечислила исключительные основания для продления срока проведения выездной налоговой проверки до шести месяцев. Также порядок проведения налоговых проверок регламентируется Приказом ФНС России от 25 декабря 2006 года № САЭ-3-06/892@ «Об утверждении форм документов, применяемых при проведении и оформлении налоговых проверок; оснований и порядка продления срока проведения выездной налоговой проверки; порядка взаимодействия налоговых органов по выполнению поручений об истребовании документов; требований к составлению акта налоговой проверки».
Понятие «тематическая налоговая проверка» закреплено в Письме ФНС России № АС-4-2/13622 от 25 июля 2013 года «О рекомендациях по проведению выездных налоговых проверок». В указанном письме высший налоговый орган рекомендует территориальным налоговым инспекциям ориентироваться на проведение выездных налоговых проверок по всем видам налогов и сборам, то есть проводить комплексные выездные налоговые проверки. При этом проведение тематических выездных налоговых проверок (то есть по отдельным налогам) ФНС России рекомендует осуществлять в исключительных случаях. Результатом такой проверки может быть требование налогового органа к компании налогоплательщику отказаться от вычета по НДС, связанного со спорными контрагентами, что, по мнению ФНС, позволит предотвратить неуплату налога в связи с нарушениями налогового законодательства РФ. Срок проведения тематической налоговой проверки по НДС не может превышать двух месяцев. При тематической налоговой проверке, в отличие от комплексной выездной проверки, исследуется не вся деятельность компании, а какой-то отдельный налог (например, налог на прибыль). При этом срок проведения тематической налоговой проверки при необходимости может быть увеличен по решению руководителя налогового органа, например, при необходимости проведения контрольных мероприятий и иных видов проверок, как при выездных проверках. Период проверки организации по отдельным налогам также равен трем годам. Чтобы данный вид налогового контроля прошел для проверяемой компании максимально безболезненно, желательно знать некоторые особенности его проведения. Приведем несколько юридических особенностей:
- проверить могут только последние три года деятельности компании;
- основанием для допуска налогового инспектора к проведению налоговой проверки является только решение руководителя налогового органа, осуществляющего проверку;
- не допускается повторная проверка начисления одного и того же налога;
- срок проведения проверки не может превышать двух месяцев (в крайних случаях он продлевается еще на один месяц).
Тематическая налоговая проверка грозит налогоплательщику тогда, когда сроки на камеральную проверку истекли, но подозрения у налоговиков на нарушения налогоплательщиком налогового законодательства все же есть. Как и любой другой тип налогового контроля, тематическая проверка грозит налогоплательщику доначислением.